Se você precisa escrever documentos técnicos / científicos, a melhor coisa a se usar é o Latex. O Latex te permite escrever textos da mais alta qualidade tipografica e não é tão dificil mexer nele. Você pode escrever um documento em Latex e gerar um pdf desse documento, muito prático. O Latex suporta a inclusão de código-fonte em várias linguagens, como C/C++, Java, Matlab e muitas outras.
Procure no google como instalar o Latex e também procure uma apostila básica sobre o mesmo.
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entanglement
Uma outra forma é simplesmente fazer um “copy & paste” do Eclipse no seu documento (você está usando o Word ou o Writer do OpenOffice, não)? O Eclipse exporta o texto com formatação e tudo. Talvez você tenha de acertar as cores do seu Eclipse (por exemplo, se você tem o costume de usar fundo preto no código, ele vai ser copiado para o clipboard com o fundo preto, o que irá causar um borrão preto na hora de imprimir.)