Declarar variáveis dentro de laços while em "C"?

Depende:

Exemplo:

#include <stdio.h>
#include "stdlib.h"

int main(void) {
	
	int i = 0;
	
	while(i < 100)
	{
		int d = i;
		printf("%d\r\n", d);
		i++;
	}
	
	return 0;
}

Na verdade é um código desnecessário, porque, poderia imprimir direto a variavel i, mas, em outros casos você pode acessar dados como você mesmo disse de uma estrutura que é importante você copiar o item de uma lista, não vejo problemas em fazer uma declaração de uma variável dentro de um for ou qualquer estrutura de repetição, o problema é se essa variável tem finalidade importante para tal.