bom o problema não é que o pessoal não gosta de usar java no desktop,
mas pense…
você com um parque de TI com mais de 1000 maquinas, por exemplo,
se desenvolver uma app desktop terá que atualizar 1000 maquinas e em uma posterior atualização do software lá vai a via sacra de atualização de maquinas…
detalhe que esse software pode ser implementado em ambiente web…
e por esse detalhe que o ele é desenvolvido em modo web, ao inves de desktop… ( normalmente aplicações genero office para empresas )
com isso você possui os beneficios, de centralização da aplicação em um servidor, onde quando for atualizar a aplicação irá apenas atualizar um unico lugar, com isso todos os usuários estarão acessando uma versão atualizada da aplicação no próximo acesso, sem a necessidade de ficar atualizando as maquinas do parque de TI da empresa
em suma esse é o detalhe que leva a preferencia pelo desenvolvimento de sistemas web em java, ao invez de desktop, sem dizer que o custo é relativamente menor a um sistema desktop ( isso avaliando a longo prazo, com eventuais atualizações do mesmo ) para a empresa sai mais barato 
bom então nessa área de aplicações para empresas genero office, não tem um porque elas serem desenvolvidas para desktop… porém caso seja uma aplicação mais especifica onde será utilizado em algumas estações, como por exemplo, tratamento de imagem de microscópio, de uma divisão de pesquisas da empresa, ae até que compensa mais investir em um software web…
por essas e outras que normalmente existem mais projetos em ambiente web, do que para ambiente desktop em java :razz: