Olá,
Onde o usuário instalou a JRE, você terá a pasta nomeada de acordo com a versao… no windows, creio que seja “jre-1_5_07”, ou coisa parecida, em “Program Files/Java”, para a distribuição mais recente (não tenho certeza, eu só uso linux na minha máquina).
Neste diretório, tem uma pasta bin, e lá, o executável “java”. Então, é só adicionar o caminho deste diretório (bin) à variável Path do sistema operacional.
No Linux, edite /etc/profile.d/, e chame pathmunge() para o diretório apropriado. Ou ainda, faça um link para a pasta bin da JRE em /usr/bin, com:
cd /usr/bin
ln -s [pasta do java]
Se o link já existir (i.e, uma outra máquina virtual instalada), vc pode removê-lo com “unlink”.
Para testar se tudo funcionou, você já deve saber, chame java -version e verifique se a saída corresponde com a versão que você quer.
Espero ter ajudado,
Rodrigo
[Oops… vcs responderam antes que eu]