Tem como sincronizar o banco de dados relacional com banco de dados não relacional?

Vamos la

gerenciar um cluster de banco de dados ja tem desafios, imagine sincronizar duas engines completamente diferentes.

é o caso de citar ACID x BASE, de citar o CAP Theorem e de lembrar que o MongoDB é CP ( veja aqui ) então vc nem sempre tem o banco disponivel, portanto a sincronia entre os dois vai ser um bom desafio, com direito a uma parte do seu sistema talvez não funcionar 100% do tempo.

eu trabalho com diversos bancos de dados ( mysql, Riak, Couchbase. Elasticsearch - fora uns Redis perdidos por ai… ) porém existem razões de arquiteturais e de performance para isso. tenho os dados replicados entre diferentes buckets do couchbase e não posso confiar nisso de jeito algum (nem mencionei q funcionam em diversos datacenters ao redor do mundo).

se vc não tem uma excelente razão pra usar 2 bancos de dados, não use. Use uma tecnologia só. Vai ser menos uma coisa pra te dar problema.

2 bancos são 2 processos de backup para lidar, mais coisa para monitorar, mais cpu sendo utilizada, etc.

se vc quiser usar usar mongo para armazenar outras informações ( sei la, dados da sessão, cache ) e isso ser algo que vai trabalhar em conjunto com mysql, vc terá menos dores de cabeça.

pelo que vc descreveu eu fugiria de qualquer solução que exija que a mesma informação esteja presente em 2 ou mais bancos de dados diferentes com alto grau de confiabilidade.